自然科学系由原汕头教育学院数学、物理、生化、地理四个学系于2002年6月合并组建而成。现设有师范类专业6个【数学教育、初等教育（数学与科学方向）、物理教育、化学教育、生物教育、地理教育】，非师范类专业1个【环境监测与治理专业】。现有28个教学班，有全日制学生1488人，是汕头职业技术学院规模最大的学系之一。
自然科学系现有教职工55人，拥有一支教学经验丰富、科研能力强的教师队伍。教师中有副教授17人，高级工程师1人，讲师22人，实验师1人；博士学位2人，硕士学位14人。教师中有多人获得省市奖励：省南粤教坛新秀1人、市优秀教师1人、市优秀班主任1人，市青年科技标兵1人、参加863国家重大科技攻关项目1人，参加国家自然科学基金项目1人，获得省级科技进步三等奖1项，厅级科技成果优秀奖2项；出版学术专著2部，编写出版教材1部，公开发表论文300余篇。
现有校内实训基地（实验室）20个：有机化学实验室、无机化学实验室、分析化学实验室、生物实验室Ⅰ、生物实验室Ⅱ、组织培养实验室、动物标本室、植物标本室、食用菌栽培室、环境监测实验室、污染治理实验室、分析仪器室、力、热实验室、电磁学、数字电路实验室、电工学、家用电器实验室、模拟电子技术实验室、光学、中教法实验室、电视机实验室、音像、电化教育实验室、地理实验室。实验设备总计约150万元。
目前共建成校外实训基地5个：汕头国家气候观象台、汕头市农科园科普中心、汕头市环境保护监测站、汕头市大千高新科技研究中心有限公司、 汕头市澄海区文生食用菌研究所。
学系发展思路：在不断提高办学质量的基础上，形成以理科类专业师范教育为主体，为广东省教育战线培养高素质合格教师为己任，并逐步发展建设非师范类专业，为广东地方经济建设，尤其是为潮汕地区的基础教育事业和经济建设提供第一线应用型技术人才和优秀新教师。
自然科学系重视教学研究工作，重视良好学风的建立，教学质量不断提高，近年来就业率也稳居97%以上，并得到了用人单位的一致好评。
