锡林郭勒职业学院医学系前身是锡林郭勒盟卫生学校，成立于1958年，并于2003年5月与其他学校合并组成锡林郭勒职业学院。
医学系教师队伍结构合理，教学经验丰富，专业技术能力雄厚。现有教职工67名，其中具有高级职称13名，占19.4%，中级职称35名，占52.23%，初级职称19名，占28.35%。开设的专业种类较多，大专层次的有护理、助产专业、医药营销、五年连读高级护理专业；成人专本科层次有护理、临床医学、预防医学、蒙医学；中专层次有护理专业。其中护理为学院品牌专业，助产专业被列为学院重点专业。2008年10月，护理专业被评为“自治区级品牌专业”。
医学系实验实习设备比较完善，目前拥有4903.07平米的实验实训楼，建有生命科学展示室、护士形体训练室、解剖与组织胚胎学、生物化学、生理学、病理学、药理学、微生物与免疫学等实验室及显微镜室和外、妇科、内、儿科实训室、模拟产房、婴儿室实训教学区和ICU病房、抢救室、病房等实训教学区。并拥有呼吸机、监护仪、除颤器等先进的仪器设备，完全能满足护理专业培养目标的要求，满足了学生及时了解当前最先进的诊疗、护理技术的需求。
医学系一贯本着培养实用型、技能型人才的办学理念，不断加大对学生实践技能、动手能力的培训力度，并注重对学生自身修养和职业道德的教育。充分利用课外活动时间，开放实验室，举办针灸、按摩班，开展护士礼仪培训和“就业指导讲座”等，促进对学生全面素质的培养。
为了更好的开阔学生视野，让学生及时了解当前最先进的诊断、护理技术，学院通过各种渠道广泛联系北京、天津、沈阳、石家庄、郑州、张家口、呼和浩特市、包头市、赤峰市及锡林浩特等地区等级医院作为生产实习基地。并与62家知名医院建立了良好的合作关系。其中教学医院16家，实习医院46家。 医学系首级（2003级）高级护理专业毕业生，就业率达91.96%，2004级高级护理专业毕业生就业率达90.86%。
