浙江海洋学院图书馆于2004年迁入投资近4000万元的东校区图书馆。之前，舟山石化学校、舟山卫校图书馆等先后并入，在馆藏及馆舍建设方面有了很大的进展，现馆舍总面积2.6万平方米，现有文献169万册（其中古籍线装书1万册、中外文现刊2300余种、电子文献45万册），馆藏文献以海洋、水产等学科最为丰富。
近年来，图书馆在不断加强文献资源建设的同时，还着力进行数字化图书馆建设，力求形成纸质文献与电子文献齐头并进的馆藏格局。目前我馆已拥有CNKI中国期刊全文数据库、CNKI优秀博硕士论文、中文科技期刊数据库、万方数字资源、人大全文数据库、国研网、读秀学术搜索、超星电子图书、Scopus文摘库、EBSCOhost、SpringerLLink电子刊、Springer电子书、World Scientific电子书、NowPublishers、ProQuest学位论文库、 Encyclopedia of Ocean Sciences等三十几种中外文数据库。
在使用功能上，东校区图书馆以社科类图书、期刊的收藏和借阅为主，同时兼具管理中心职能；西校区图书馆以海洋水产、船舶制造等理工类图书、期刊的收藏与借阅为主；石化校区分馆主要以石油储运类图书入藏和借阅为主。
2005年7月图书馆更换了汇文公司的图书管理系统，使全馆各工作环节都实现了计算机集成化管理。各借书处和各阅览室均实行开架借阅，每周开放时间达73小时。同时，拥有160个机座的多功能电子阅览室，可向全校师生提供网络、光盘等电子信息的检索和咨询服务。为加强图书资源利用率，图书馆还开设了文献检索等课程，不断提高学生的信息检索能力。
在学校申请硕士学位点成功之际，学校投入大量的资金，购买新图书15万册，其中硕士点的相关专业图书达3万册，为硕士研究生的教育提供一个丰富的学术平台。
