自动控制工程系现有机电一体化技术（国家骨干院校重点建设专业）、电气自动化技术（学院重点专业）、发电厂及电力系统、机械制造及自动化等4个专业，在校生1400余人。与五粮液集团合作开办有机电一体化技术专业（五粮液联办班），与西南交通大学合作开设了“1.5+1.5”学制的电气自动化技术专业（铁道电气化专业方向），与西南科技大学合作开办了本科“机电设备与管理”专业的应用型自考助学班。
自动控制工程系现有专兼职教师59人，其中教授及副教授占35%，硕士占60%以上，“双师素质”教师占76%，市级以上学术带头人和拔尖人才4人。其“机电一体化技术教学团队”2009年被四川省教育厅立项为“省级教学团队”。 自动控制工程系现有国家骨干院校建设重点项目1个，四川省精品课程3门（可编程控制技术、设备状态监测与故障诊断、人机界面系统设计安装与调试）。
近三年学生曾获全国大学生机械创新设计大赛二等奖、四川赛区一、二等奖，全国电子设计大赛四川赛区一、二、三等奖，全国数控机床维修大赛三等奖。现已建成专业实验实训室20个，仪器设备总值达到1211.7万元，校外实践教学基地8个，实验、实训课程开出率达到100%，在四川省同类院校中具有比较优势。自动控制工程系机电一体化技术专业是学院与五粮液集团共建之“五粮液产业学院”的重点建设专业，也是学院今年自主招生专业之一。与五粮液集团公司、一汽大众公司、三峡集团向家坝工程公司、攀钢集团瑞星公司、丝丽雅集团、宜宾天原集团、重啤集团（宜宾分公司）等企业建立了长期深入合作关系。
依托学院的职业资格鉴定站，积极开展AutoCAD、车、钳、焊、数控车、维修电工、机电一体化、智能电气工程师、电机维修、空调制冷等职业技能培训和职业资格认证。自动控制工程系毕业生主要面向五粮液集团、一汽大众公司、三峡集团向家坝工程公司、攀钢集团瑞星公司、重庆小康集团、中铁二局、中铁八局、奇瑞汽车公司等大型企业推荐就业，就业率达98%以上，就业层次和专业对口率较高。
