山东省黄河三角洲生态环境重点实验室于2007年被省科技厅、财政厅批准成立，后又被教育厅批准为山东省高校黄河三角洲生态环境重点实验室，依托黄河三角洲生态环境研究中心建设。2008年3月顺利通过山东省教育厅的考察评估，10月以优秀的成绩顺利通过山东省科技厅的绩效考评。重点实验室有固定研究人员30人，其中，具有博士学位人员15名，硕士学位人员10名；正高级职称人员6名、副高级职称人员8名；1人为博士生导师，2人为硕士生导师，2人享受国务院政府特贴。名誉校长李文华院士任学术委员会主任，滨州学院副院长、博士生导师陆兆华教授兼主任。
本着“开放、流动、联合、竞争”的方针，充分发挥本重点实验室在生态学、环境学，尤其是对黄河三角洲研究的辐射、带动和服务作用。重点实验室已与中国矿业大学（北京）、中国科学院烟台海岸带可持续发展研究所、中国海洋大学等高校和科研单位联合招收培养博士、硕士研究生。同时，重点实验室还积极对外开放，设立开放基金，实行联合共建，吸引其他高校、科研院所的硕士、博士研究生到重点实验室开展有关实验研究工作。先后有中国海洋大学、中国矿业大学、中国科学院烟台海岸带可持续发展研究所、中国科学院生态中心、山东农业大学等单位的研究人员和博士硕士研究生到重点实验室开展科研工作。
近几年来，学校投资1000多万元，用于重点实验室仪器设备购置、实验室改造、人才引进等。目前，实验室仪器设备总值近1300万元，进口仪器设备800多万元。实验室面积约2150m2，建有生态过程、生态监测、生态规划与评价、微生物生态等专业实验室，气相色谱质谱室、原子吸收室、离子色谱室等分析测试实验室。
自建设以来，重点实验室共获各类科研经费1500多万元。其中，承担国家级科研项目5项，省部级科研项目15项，市厅级科研项目14项，横向科研项目4项，其他科研项目10多项。获得山东省科技进步二等奖1项、三等奖2项，山东省社会科学优秀成果二等奖1项、三等奖1项，山东省高等学校优秀科研成果二等奖1项、三等奖2项，山东省软科学优秀成果奖一、二等奖各1项，滨州市科技进步奖5项；出版著作14部；发表论文200多篇，其中SCI/EI收录30多篇，国外或国内中文核心期刊论文100多篇，授权专利1项。
重点实验室立足黄河三角洲社会经济发展中出现的生态环境问题，主要开展受损与退化生态系统的保护和恢复技术、环境污染防治技术等方面的基础理论研究和应用基础研究。目前，主要开展了黄河三角洲生态环境演变、黄河三角洲开发对湿地生态系统的影响、黄河三角洲生态系统保护与恢复技术、区域生态安全能力建设与环境管理等方面研究。
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