实验室以南昌工程学院为依托，针对“鄱阳湖生态经济区”建设过程中的主要“水”问题，以江西“五河一湖”—鄱阳湖流域为主要研究对象，开展水循环与水资源安全、水生态与水环境演变规律、流域水土流失与生态修复等方向的理论、方法与应用研究；以基础研究、应用基础研究与示范推广有机结合为范式，为区域水资源可持续利用和生态环境建设提供技术支撑，已逐步发展成为国内外具有一定影响的开放性、多学科、综合性的学术交流基地、理论与应用人才培养基地、科技创新与成果转化基地。拟解决的重大科学问题有
（1）水循环及水资源安全
自然和人类活动双重作用下水循环过程及其响应机理，区域水资源演化规律；水文模型开发及其对水文水资源的系统模拟；流域水资源实时监控系统研发，区域水资源可持续利用与优化配置；水库生态优化调度技术，水工建筑物安全、动态监测及信息分析处理。
（2）水生态与水环境演变规律
河流生态系统胁迫分析模型及调控措施；鄱阳湖湖泊生态系统复合稳定状态相关关系及稳定状态转换机制，湖泊环境与生态系统对重大水利工程等影响因素的响应；湖泊水资源形成、可再生性维持机理及时空变化规律，河流—湖泊—流域健康标准与评价指标体系；基于数字流域系统的丘陵区污染负荷模型及水质模型创建。
（3）流域水土流失与生态修复
水土流失对河流泥沙、河流水质和河湖生态系统基本生态用水的影响；流域山地开发对重要水源地水环境和水质影响，小流域综合治理及林下水土流失防控及恢复；开发建设活动水土流失防治和生态修复；流域水资源生态服务价值评估，流域生态补偿要素及其相互关系，流域生态补偿动态模式化与生态共建共享机制，流域生态补偿定量化标准与补偿方式及途径，流域生态补偿利益相关方研究。
