重庆工商大学区域经济研究院的前身是1993年10月成立的重庆商学院经济研究所，1997年10月更名为重庆商学院区域发展研究中心，2002年2月发展为重庆商学院区域经济研究院，2002年7月更名为重庆工商大学区域经济研究院。自2003年1月重庆工商大学区域经济研究院被重庆市政府批准为重庆市第一批人文社科重点研究基地以来，在区域经济研究院基础上，经过整合建设，于2004年11月成功申报教育部人文社科重点研究基地——长江上游经济研究中心。基地属于独立研究机构，处级建制。在教育部指导、重庆市委市政府及市教委的领导和支持下，经过5年的建设，基地充分发挥在科学研究、人才培养、学术交流、学科建设等方面的集聚和扩散效应，使人文社科研究迈上了一个新层次、新水平。
为整合学校教学科研资源，壮大基地实力，学校把市级人文社科重点研究基地区域经济研究院置入教育部基地长江上游经济研究中心管理，实行 “中心”辖“院”的管理模式。区域经济研究院成为教育部基地的重要依托。基地实现资源共享，紧密合作，协同攻关，共同推进基地和“中心”建设和研究水平的提高。区域经济研究院实行院长负责制，设院长1名，常务副院长1名，下设办公室和学科建设科。同时，学校把研究院作为重庆市“十一五”重点学科区域经济学建设的平台，并把研究院确定为我校区域经济学硕士研究生的培养单位。2006年学校把区域经济学研究生的管理工作正式下放到区域经济研究院实行二级管理。经过对全校人文社科资源的整合，丰富和壮大了研究院在科学研究、人才培养、学科建设等方面的整体实力，研究院正逐步成为重庆市及西南地区有较大影响的综合性科研及信息交流平台。
基地近五年来共有各类课题273项，其中国家级25项，省部级50项,获省部级奖励24项。出版学术专著34部。发表学术论文450篇，其中核心以上期刊161篇。基地研究成果在长江上游地区、成渝经济区和重庆市经济社会发展研究方面具有重要学术地位和优势。近年承担了国家自然科学基金、国家社科基金和国务院有关部委等项目，承担的课题层次较高，研究成果丰硕。
基地现有梯队成员32人，其中教授20人，副教授11人；博士16人，硕士11人；博士生导师2人，硕士生导师20人；国家有突出贡献中青年专家1人，省部级有突出贡献专家1人，享受国务院特殊津贴专家4人；重庆市学术技术带头人8人。
