经自治区教育厅审核，2011年11月，中国(新疆)与中亚区域经济合作研究中心(简称基地，下同)获批成为自治区首批29家新疆高校人文社科重点研究基地之一，也是新疆财经大学获批的首批3个基地之一。
基地主任为段秀芳教授，副主任为李新英教授和由亚男教授。目前有专、兼职研究人员50余人，其中第一批正式聘任的研究人员有14人。该基地学术团队结构合理、职称结构和学历结构高。该基地主要以地缘经济和区域合作为机理，密切联系新疆经济发展实际，在中国与中亚俄罗斯经贸合作与投资、国别经济等领域的研究成果丰硕，多项研究成果填补了国内相关领域的空白，属于国内领先水平，已经在疆内形成显著优势，在新疆乃至西北地区都处于不可替代的地位，在全国的影响也日渐显现。
基地设3个研究方向：
1.中国新疆与中亚经贸合作研究。该研究方向主要研究上海合作组织框架下的区域经济合作，面向中亚的对外开放战略和走出去战略，中国新疆与中亚国家经贸关系，中国新疆与中亚国家产业分工，新疆外向型经济与优势产业开发，口岸经济发展，新疆能源资源安全大通道，中亚国家经济发展、经贸政策、投资环境、市场供求与结构等问题。
2.新疆区域发展与外向型经济研究。该研究方向主要研究新疆优势资源产业化发展与推进新型工业化问题；区域经济协调发展和特殊区域的跨越式发展问题；新疆低碳经济、循环经济模式及规划；新疆面向中亚的外向型经济的产业支撑、口岸经济发展与特殊经济开发区产业发展与政策；新疆建设国际商贸中心、物流中心和对外合作加工基地、能源基地的途径和对策。
3.中亚国别经济研究。此研究方向主要对中亚国家的经济、政治与文化发展进行历史考察和现实研究，探索经济全球化和区域经济一体化进程中中亚国家经济、政治与文化的格局变化和发展趋势。
本基地总体建设思路是：以国家和新疆“十二五”规划以及中央新疆工作座谈会精神为指导，围绕基地三个研究方向，以学术带头人和科研骨干为核心，以重大、重点及一般研究项目为载体，积极加强与校外科研机构、高校及相关职能部门和企业的合作，将基地建设成开放性的研究平台，瞄准中国新疆与中亚区域经济研究前沿，立足新疆实际，侧重应用研究和咨询服务，为政府决策提供依据，为企业发展提供服务。把该基地建成自治区相关政府和企业重要的咨询智囊机构，新疆与中亚区域经济合作前沿问题的研究中心，以及新疆与中亚经济运行态势的信息发布中心，力争建成区内领先、国内先进，在全国有一定影响力的中亚经济研究基地。
2012年，针对该领域的热点问题，经审核，批准立项10项科研项目。其中1个重大项目 ，2个重点项目，7个一般项目，共投入经费42万元。
