其前身为1978年建立的内蒙古民族医学院蒙医系实验室和蒙药系实验室。2000年三校合并后成为蒙医药学院实验教学中心。2002年由内蒙古教育厅正式审核批准为“内蒙古自治区高校蒙医药研发重点实验室”，由巴根那教授担任重点实验室主任。
现有专职人员28人，其中教授12人，副教授6人，高级实验师2人，博士10人，硕士8人；硕士生导师13人。实验室现有仪器设备800余台件，仪器设备总值近1000万元，其中800元以上仪器设备500台件，总值约428万余元；10万元以上的高精密设备8台。实验室基础设施价值达80万元。
主要承担蒙医学、药物制剂学、蒙药学和高等护理学等4个专业本科生实验教学和毕业论文研究任务。
实验室主要研究方向：
1.蒙医药基础理论研究。
2.蒙药资源与质量标准研究。
3.蒙药新药开发研究。
4.蒙医药临床特色疗法研究。
现正承担自治区自然科学基金重大项目2项，其他省部级课题10项。
