内蒙古医科大学蒙药炮制实验中心由原中蒙医学院蒙药炮制实验室和药物实验室在2007年5月整合后实行二级管理模式的实践教学基地。由蒙药传统炮制实验室、蒙药药理实验室、蒙药资源分析实验室和蒙药制剂实验室和精密仪器室组成，总面积为450平方米。实验中心不断充实和扩建，2010年新增的仪器设备80多套，价值250万元。
目前，除了蒙药传统炮制加工所使用的相关设备以外CGN-208半自动胶囊充填机、YLS-1A多功能小鼠活动记录仪、DU800紫外可见分光光度计、SIGMA2-16K台式高速冷冻离心机、XD-3X线衍射分析仪、LC-15C液相色谱仪等科研仪器设备共有130套（台），总价值300余万。通过几年建设师资队伍日趋合理，现有教师12人，高级职称人员3名，中级职称人员9名，其中博士1名，硕士9名，学士2名。主要承担蒙医药专业本科生和留学生的有关蒙药学实验课的教学以及研究生、教师等不同层次人员的科研工作。开展实验有“蒙药传统炮制学”“蒙药药理学”“蒙医方剂学”“蒙药制剂学”“蒙药分析化学”“蒙药鉴定学”“蒙药药用植物学”等7个专业60多项实验。
实验中心不断进行基本建设，实验设备不断更新，不断优化师资队伍结构，以提高学院教学质量为宗旨，为培养21世纪理论知识扎实，实践技能强的留得住、用得上的人才为教学目标。教学方面注重传统理论与现代实验研究的紧密结合，努力培养学生动手操作能力。尤其为了促进和规范蒙药炮制操作规程、方法，不断改进和增添仪器设备，以改进蒙药炮制方法，研究和揭示炮制机理、炮制对药物的影响为新办专业学生教学任务而设计了实验课程并正在实施实验教学。
