江苏省地理信息技术重点实验室采用南京大学和江苏省基础地理信息中心合作共建模式。实验室建设按照“优化布局、做优做强、自主创新、引领发展”的原则，整合和优化配置现有资源，打破学科和部门界限，集聚各单位优质科研设施和优秀科研人员，同时引进国内外一流的技术人才和管理人才，实现技术、经济和人才的良性循环。实验室的组织架构如图所示。
①地理信息分析与表达研究室。以突破复杂地理计算技术瓶颈，构建高性能空间分析、时空挖掘、自动处理、多维表达的新型地理信息计算平台为研究重点。研究室设主任一名，由重点实验室主任聘任。该研究室的承担主体是南京大学。
②碳循环陆气协同遥感研究室。针对陆地生态系统碳循环的特点，重点研究利用遥感技术进行陆地生态系统碳源汇优化计算。研究室设主任一名，由重点实验室主任聘任。该研究室的承担主体是南京大学。
③区域地理国情监测研究室。围绕江苏省地理国情监测需求，重点开展自然与人文地理国情的监测、集成与服务研究。研究室设主任一名，由重点实验室主任聘任。该研究室的承担主体是江苏省基础地理信息中心。
④综合办公室。负责实验室日常管理工作，组织贯彻执行实验室各项规章制度，组织确定实验室仪器设备的选型与采购、负责实验仪器设备的管理（仪器设备的登记、日常维护、保养等工作），保障实验室正常运行。
⑤计算机网络信息中心。负责实验室网站建设与网络维护，并承担为研究人员提供软件测试集成、成果整理汇总、绘图服务等工作。
