大理大学基础医学实验教学中心是在原大理医学院相关实验室基础上逐步发展起来的。原大理医学院在1997年接受国家教育委员会专家组的本科教学合格评估后，根据云南省教育委员会的相关实验室改革精神，通过实验室的整合与重组，撤销了各教研室所属的校、系、教研室三级管理的教学实验室，逐步建立了相应的由校、系两级管理的综合实验室;并于1998年全部被认定为云南省高校合格实验室。
2001年10月29日，大理学院合并组建后，属于基础医学范畴的校、系两级管理的综合实验室得到了进一步的巩固和发展。为了适应时代的发展，2006年3月8日，大理学院正式成立了基础医学实验教学中心，该中心下设7个分支实验室，即人体解剖学实验室、人体机能学综合实验室、人体形态学综合实验室、病原生物学综合实验室、生物化学与分子生物学实验室、病原与媒介生物实验室和人体生命科学馆。中心主任由吴建新教授担任, 副主任由白丽教授（博士）担任。大理大学基础医学实验教学中心属于校级建制，其所依托的 “基础医学”一级学科是云南省“十一五”省级重点建设学科，所以便基础医学实验教学中心是综合实力较强的实验中心。该中心的各个分支学科和各个实验室不但实现了资源的有机整合和资源共享，同时该中心向整个学校开放，大大提高了中心的服务范围，最大限度地满足了日益增长的教学、科研需要。其中病原生物学综合实验室是云南省示范实验室和大理大学实验教学示范中心，具有扎实的前期建设基础。中心除了承担大理大学临床医学、预防医学、医学检验、卫生检验学、药学、药物制剂、医学影像学、护理学等本科专业学生、南亚留学生、成人教育本科班学生以及医学类硕士研究生绝大部份的医学基础实验教学任务外，还是大理大学医药学专业的重要科研基地，该中心的工作在2008年大理大学本科教学水平评估中受到评估专家组的一致肯定和好评。
实验教学中心实验用房面积9060M2，单价800元以上的仪器设备2366台（件）数，设备总值1738.94万元。其中单价5万元以上设备47台(件)数，设备值624 .83 万元。仪器设备更新率每年平均保持在10%以上，仪器设备完好率在95％以上，利用率在90%以上，贵重仪器设备年使用效益评价分数全部达到合格标准。
实验教学中心目前有实验教学和管理人员93人，其中实验教学人员87名，管理人员6人。有教授16人，副教授和高级实验师56人，讲师和实验师21人，硕士研究生导师19人，校级以上学术带头人15人（其中云南省中青年学术和技术带头人2人，云南省中青年学术和技术带头人后备人才3人，云南省教学科研带头人2人），省级教学名师2人，校级教学名师1人。高级职称比例为60.21%;具有博士学位18人，具有硕士学位37人，博士和硕士研究生比例为59.13%。
实验教学中心建设的总体目标是：创建一个管理机制健全、仪器设备现代化、教师队伍优良、教学手段先进、教改成果卓著的基础医学实验教学中心。
