汽车工程系，前身是甘肃省交通学校汽修科，创办于1979年，2003年学院升格后成立汽筑工程系，2021年学院机构改革，汽筑工程系分为汽车工程系和机电工程系两个系部。2003年被教育部、交通部等六部委确定为甘肃省唯一承担全国汽车运用维修专业领域技能型紧缺人才培养的院校，2008年被甘肃省职成协会聘为全省高职高专汽车运用与维修专业组组长单位，2014年加入中国汽车维修行业协会，2017年加入全国汽车服务棋牌网页游戏平台 集团并担任集团常务理事，2017年获批国家第二批现代学徒制试点专业单位，2019年获批国家级汽车维修技术协同创新中心，2020年被评为新时代甘肃省高等院校党建“标杆院系”，2021年被评为甘肃省省级标准化先进党支部，2021年建成上汽大众SCEP甘肃培训基地，2022年被确定为中德先进棋牌网页游戏平台 合作项目首批试点院校—汽车（新能源）领域。
汽车工程系开设汽车检测与维修技术、汽车制造与试验技术、新能源汽车检测与维修技术、智能网联汽车技术4个专业，现有在校生1435人，教职工37人，其中，教授5人、副教授8人，博士、硕士研究生学历12人，“双师型”教师20人，交通运输部学科带头人1人，省级教学名师2人，省级“教学园丁奖”获得者2人，省级“青年教师成才奖”获得者1人，省级技术标兵1人、全省优秀党务工作者1人、全省高校科研、党建双带头人1人、国家级大赛裁判5人。
汽车工程系拥有上汽大众SCEP甘肃培训基地、中德陆克思德实训中心、传统汽车检测与维修技术实训中心、新能源汽车检测与维修实训中心、现代学徒制汽车制造与装配实训中心、汽车车身修复与喷涂实训中心、汽车营销与商务实训中心、智慧交通与智能汽车体验中心等20多个校内专业实训室，建筑面积12000平方米，设备总值7000余万元。
汽车工程系与上汽大众集团、新疆广汇集团甘肃公司、江铃汽车、吉利汽车、奇瑞汽车、北汽新能源汽车、国内奔驰、宝马、奥迪品牌4S店等20多家企业建立了稳定的校企合作关系，2013年与中德诺浩教育集团合作开办了基于德国“双元制”教育模式的“中德诺浩汽车技师班”。
汽车工程系近年来承办了全省职业院校技能大赛高职组新能源汽车技术与服务比赛1次、中职组汽车营销与服务接待比赛1次、中职组新能源汽车检测与维修比赛1次。师生参加全国和省级比赛取得了优异成绩，其中教师获全国高职类教学比赛三等奖1项、全省高职类教学比赛一等奖2项、二等奖2项、三等奖2项；学生参加全国职业院校技能大赛获二等奖3项、三等奖3项；获省级技能大赛一等奖3项、二等奖6项、三等奖7项。
汽车工程系坚持“立德树人、厚基强能、创新育匠”特色人才培养，致力为党育才、为国育人，着力培养能工巧匠、大国工匠，自成立以来为汽车行业培养了10000余名优秀人才，近年来毕业生就业率均在98%以上。
