1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（1978年发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。

　　1958年，兵团党委创办兵团农学院（1979年改名石河子农学院），1959年创办了兵团会计培训队（1987年发展为兵团经济专科学校），1960年创建了兵团师范专科学校（1983年成立兵团教育学院）。

　　1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。

　　2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。

　　2004年，入选省部共建高校。

　　2008年，入选国家“211工程”重点建设高校。

　　2012年，入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）高校。

　　2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校。

　　2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。

　　2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。