汽车应用技术系是学院骨干系之一，有着33年的办学积淀，现开设有汽车检测与维修技术、汽车电子技术、汽车技术服务与营销、模具设计与制造、机械设计与制造等五个专业，在校生1200余人。汽车检测与维修技术专业于2008年被学院确定为院级重点专业；2011年列为中央财政支持的重点建设专业；2012年被安徽省教育厅列为省级特色建设专业。目前，本系是“安徽省汽车驾驶教练员培训基地”、“安徽省机电高技能人才培训基地”、“安徽省再就业培训定点机构”、“安徽省机动车维修从业人员从业资格考试点”、“巢湖市汽车维修技师社会化鉴定考核点”等。
汽车应用技术系拥有一支教学经验丰富、具有一定科研能力、双师水平较高的师资队伍。现有专兼职教师35人，其中高级职称14人，中级职称8人，“双师型”教师20人，汽车维修技师15人，毕业和在读硕士研究生13人，外聘行业企业技术专家、能工巧匠担任兼职教师12名，校外专家建设指导委员会委员和校外实习指导教师近20名。2012年荣获省级教学成果二等奖一项，建成院级精品课程三门，主审、主编、参编交通棋牌网页游戏平台 规划教材30多人次,发表专业论文20余篇。近年来，汽车、机械类专业全面推行“教、学、做”一体化教学模式，核心课程实行主讲教师负责制。教学中注重专业技能和综合素质的培养，多人次在省级高职院校职业技能竞赛中获二、三等奖，其中在2012年全国高职院校职业技能大赛（汽车检测与维修项目）中，取得了团体三等奖、单项（汽车自动变速器拆装与检测）二等奖的优异成绩。毕业生就业率一直稳定在98%以上水平。
汽车应用技术系拥有良好的实践教学资源，现已建成校内三大实训基地，即汽车实训实习中心、汽车修理实习工厂、国家一级驾校。其中汽车实训实习中心为省级示范实验实训中心，建筑面积19219平方米，设有汽车构造与拆装实训中心、汽车检测与故障诊断实训中心、汽车美容与养护实训中心、汽车信息技术实训中心、汽车车身实训中心、汽车性能检测实训中心、机械加工实训中心，设备总价值近800万元。近两年完成合作企业技术人员和社会人员培训近4000余人。建有校外实训基地28个，供各专业学生顶岗实习和教师实践锻炼。
