北京大学创建于1898年，初名京师大学堂，是第一所国立综合性大学，也是当时中国的最高教育行政机关，1912年改为现名。
1917年，蔡元培担任北京大学校长，当时正值北洋军阀政府推行封建专制主义统治的黑暗时期，当时的北京大学校政极其腐败，官僚积习很深，不少人以上大学为升官发财之阶梯，对学问研究没有兴趣，读书就是为了混资历谋取官位。教员中也有不少是不学无术的，课堂讲授敷衍塞责。学校里缺乏学术研究的空气，封建复古的陈腐思想泛滥。为改变这种局面，蔡元培号召学生们要去研究高深学问，不要追求做官发财的仕途之路；强调自己的治校方针是：“依世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义”。他要以西方国家为榜样，采用思想自由原则和兼容并包的主义，其主要用意，就是要让新文化、新思想能够进入北京大学。因此蔡元培就职后第一次对学生训话时就说：“大学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯。”后来，蔡先生又提出了“十六字箴言”：囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包。两年后，北大成为中国的精神“圣地”，而“思想自由，兼容并包”也成了北大的校训。
1937年卢沟桥事变后，北京大学与清华大学、南开大学南迁长沙，共同组成长沙临时大学。1938年初，临时大学迁往昆明，改称国立西南联合大学。西南联大汇聚三校菁华，以刚毅坚卓精神，维系中华教育命脉。抗战胜利后，北京大学返回故园，于1946年10月正式复学。
中华人民共和国成立后，全国高校于1952年进行院系调整，北京大学成为一所以文理基础教学和研究为主的综合性大学，为国家培养了大批人才。
1998年5月4日，北京大学百年校庆之际，国家主席江泽民题词：“发扬北京大学爱国进步民主科学的优良传统为振兴中华做出更大贡献”。从此，北京大学便以“爱国、进步、民主、科学”这八个大字作为校训，把“勤奋、严谨、求实、创新”作为北京大学精神。
