依托塔里木大学建设的“新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室”位于塔里木盆地腹地新疆阿拉尔市，于2004年6月成立。实验室以“环塔里木生物多样性”为主要研究对象，重点围绕“南疆特色果树种质资源与遗传育种、特殊微生物及其基因资源开发利用、荒漠植物生物多样性保护与环境重建、天然产物分子结构与功能”四个研究方向从事应用基础科学研究。
在功能重组和合理架构的过程中，形成了果树种质资源研究室、果树遗传育种研究室、应用微生物研究室、生物多样性研究室、天然产物研究室、分子生物学研究室、分析测试室、植物组织培养及种苗繁育基地、化学工程及大规模发酵中试基地的“七室两基地”的研究单元。
实验室现有研究人员 51 人，平均年龄 34 岁，其中固定人员31人，流动人员 20 人。研究人员中教授 10人，副教授 15 人，博士 4 人，在读博士 2 人，硕士28人，硕士研究生导师 16 人，博士研究生导师1人，兵团跨世纪学科带头人 2 人。形成了一支素质高、年富力强，结构合理，具有从事原创性基础和应用基础研究的潜力和优势的科研队伍。聘请了 12 名国内知名专家组成学术委员会，对实验室的研究与发展进行指导。
近 5 年来，承担了 70余项国家、自治区和兵团的科研项目，获得了“新梨 7 号”的成功选育等科研成果。目前，实验室使用面积已达到 4000 平方米，仪器设备资产投资达 1300 多万元，拥有大型仪器设备 70 余台（件）。
