内蒙古医学院基础医学院分子病理学实验室（原内蒙古医学院蛋白质组学研究中心）,为内蒙古自治区重点实验室，位于内蒙古医学院新华校区实验楼9层（内蒙古医学院主楼西侧、附院新住院楼东侧）。分子病理学实验室于2005年筹建,2006年开始投入试运行，是集科研、教学为一体的开放性实验室，该实验室面积800平方米，包括蛋白质组学研究室、细胞培养室、动物研究室、心血管功能室、电生理室、基因室、免疫室、分析测试室、消毒洗涮室等十多个功能实验室，目前正在建设之中，部分实验室已经开始投入使用。
分子病理学实验室现有ETTAN-2D电泳系统、Ettan DALTSIX 中等通量垂直电泳系统、ProXPRESS2D凝胶成像分析系统、 Victor3多标记计数分析仪、倒置荧光显微镜、GBOX/HR-E-M 凝胶成像分析系统、TC-K12 基因扩增仪、气套式CO2培养箱、Sigma低温高速冷冻离心机，MILLI-QB超纯水仪、全自动高压灭菌器、恒温振荡培养箱、1379型自动洗板机、BiotekEIx800酶标仪、超声波细胞粉碎机、自动匀浆机等一批先进的仪器设备，总价值约200万元，还有部分先进的仪器设备正在引入。2D电泳仪及Proxpress2D蛋白凝胶成像系统已加入环渤海信息服务平台，已申报列入科学仪器协作共用网。
分子病理学实验室可以开展基础医学、临床医学、免疫学、分子生物学、肿瘤学、药学、动物学、细胞生物学等领域相关课题的实验研究。自治区第一批双向电泳系统引进中心后，通过不断的探索研究，电泳技术比较成熟，成像分析也可以独立进行，分子病理学实验室凭借其优良的性能和准确可靠的数据已为众多的临床研究和基础研究提供了多方面的服务。
分子病理学实验室目前可以开展的项目有：
(1)各种标本的蛋白质提取、纯化及含量的测定、双向电泳分析
(2)细胞培养相关实验、抗肿瘤药物体外动物模型抑瘤实验
(3)各种标本的核酸分离提取、纯度及含量的测定、凝胶电泳分析、 PCR 扩增分析等
(4)Western blot 、 ELISA 等免疫学相关实验
(5)荧光标记抗体检测、细菌转化、质粒提取等相关实验
