农业应用新技术实验室是2001年6月由北京市教育委员会和北京市科学技术委员会联合认定的市级重点实验室。实验室主任由北京农学院院长王有年教授担任，中国工程院院士方智远教授任学术委员会主任。
该实验室是综合、开放、服务型实验室。现有专职实验技术人员5人，研究人员30人。实验室总使用面积800平方米。本室拥有先进的仪器设备，实行专管共用，对全校开放，效益显著。
实验室与生物技术系共建，资源共享，在改造提升传统农业，发展“都市型农业”，为“三农”服务等诸多方面共同发挥着重要作用。实验室主要任务是为教学、科研及区域经济服务。实验室坚持每周7天全部开放，每天开放14小时。
三年来共安排本科生毕业论文实验、科研技能训练和课程实验1481人次。实验室指导本科生采用先进的实验技术和实验方法，提高了学生毕业论文的水平和质量。实验室还培养博士、硕士研究生39名。
独立承担了全校研究生和生物技术系本科生的《仪器分析》课程，并为《基础生物化学》、《动物生物化学》、《植物生理学》、《分子生物学》、《细胞生物学》和《显微摄影技术》等课程提供实验室和仪器设备。
实验室积极参与重点学科建设，所属研究人员多数为市级重点学科及校级重点学科的教师，依托重点实验室的实验技术和仪器设备条件，三年来承担国家863攻关项目、国家和市级自然科学基金项目、北京市教委、北京市科委和北京市农委等82项科研项目，并在核心期刊上发表论文51篇，获北京市科技进步奖和北京市农业技术推广奖10余项。
2002－2004年农业应用新技术实验室累计投入资金90万元设立17项重点实验室开放课题，为教师科研提供了有力支撑。三年来实验室面对“三农” 积极开展技术培训、技术咨询和科技下乡等服务，为京郊检测农产品等提供数据8000余个。
