实验室创建于1995年，1998年10月被中国气象局批准为“中国气象局灾害天气重点开放实验室”，2000年9月实验室被江苏省人民政府批准为“江苏省气象灾害和环境变化重点实验室”，2004年11月经江苏省教育厅遴选，实验室成为全省首批十家“国家重点实验室培育建设点”之一，更名为“江苏省气象灾害重点实验室”。五年来，实验室边建设边运行，在实验室全体成员的共同努力和各级领导的关怀支持下，2008年实验室被遴选为“气象灾害省部共建教育部重点实验室”。
实验室立足于南京信息工程大学大气科学优势学科群，主要依托气象学国家级重点学科、大气物理和大气环境国家级重点学科培育点，包括1个一级学科博士后科研流动站、1个一级学科大气科学博士点， 6个二级学科博士点、硕士点。现有研究人员84人，其中教授34人，副教授22人，具有博士学位的成员69人，占研究人员总数的82%，他们围绕实验室研究方向，形成了季风与区域气候变化、气候模拟与预测、台风与中尺度、云雾与气溶胶、气象灾害遥感监测、气象灾害影响评估等六支年龄、学历、职称结构合理、研究水平高、科研能力强的学术团队。
实验室秉持“开放、流动、联合、竞争”运行机制，针对东亚季风区重大气象灾害（洪涝、台风、热浪、大雾、灰霾、雷电等）的关键科学问题,结合区域社会经济发展的实际需求，争取在东亚季风系统的变异及其影响、季风区海陆气相互作用的机理、灾害性气候的预测理论和方法、中国东部致灾天气形成机理及其预报技术、致灾云雾过程与人工影响天气、象灾害的监测、预警及影响评估的前沿领域获得一批创新型研究成果，逐步使实验室成为代表我国相应研究领域的科研和高层次人才的培养基地。
