汽车工程系是1998年学院成立后，在原吉林交通学校汽车运用工程和筑路机械这两个学科的基础上组建起来的。
汽车运用工程专业的前身是1958年吉林交通学校成立时设置的汽车运用与修理专业，1996年汽车运用工程专业在交通部全国交通专业学校汽车运用工程专业重点专业点评估中获第一名，1997年被吉林省劳动厅职业技能鉴定中心确定为汽车驾驶员与维修工职业技能鉴定基地，1998年在汽车运用工程专业的基础上设置了汽车检测与维修专业，2001年该专业被教育部评为“全国高职高专教学改革试点专业”，2005年经省教育厅专家组评估验收后被确定为吉林省高职高专示范专业。
筑路机械专业是1991年设置，2004年根据专业定位的需要，改为工程机械运用与维护专业。2002年，2003年，2006年根据汽车售后服务市场的需求先后开设了汽车技术服务与营销，机动车保险与理赔，汽车电子技术三个专业。
吉林交通职业技术学院的汽车、筑机(交通工程机械)专业率先实行了专业课模块教学，较早的开设了汽车新技术、筑路机械新技术、汽车专业英语、筑路机械专业英语等课程。同时增加了主干专业课操作考试及专业题库综合答辩，强化了学生的主干专业课理论知识及高级轿车、先进筑路机械的故障诊断、检测及维修技能。
汽车工程系的全体同学毕业时可获得汽车驾驶证、汽车维修中高级职业资格证和毕业证等证书。本专业毕业生就业率在95％以上，毕业生多数被分配在交通运输和管理系统相关行业、汽车维修、运输企业中，并且成为技术能手或骨干力量，也有不少毕业生现已走上领导岗位。
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