三峡库区生态环境教育部重点实验室定位于应用基础研究，以三峡库区水环境、自然生态系统和城镇生态系统
为主要研究对象，对三峡水库运行期间库区生态环境的演变和发展规律、综合调控理论与关键技术等开展系统、持续和深入的研究，为三峡库区水环境、人居环境与生态建设提供科学和技术支撑，以保障三峡水库安全稳定运行和库区城镇建设与社会经济健康发展。
实验室立足三峡库区，利用特有的地理优势，培养优秀的研究人才，承担国家和地方的研究项目，并根据研究方向及需要，设立开放课题引入流动研究人员开展研究工作，加强国际国内合作，通过合作研究形式加强人员流动，开展研究。通过实验室建设，逐步优化实验室管理，与国际接轨，完善实验室的设备建设，充分发挥设备和人才优势，努力把三峡库区生态环境教育部实验室建设成既能为地方社会和经济发展以及国家的西部大开发宏观战略服务服务，又能进行较高科研创新的国内外的一流重点实验室。
