畜牧兽医系创建于1960年，是学院的传统优势专业系部。根据现代畜牧业发展对人才的需求，进行了以职业能力培养为目标的“农业棋牌网页游戏平台 能力体系”改革，获得农业部教育教学改革成果一等奖，是北京农业职业学院的主干教学系部之一，设有4个专业——动物医学、畜牧兽医专业、动物药学专业、实验动物技术专业。其中，畜牧兽医专业是国家教育部“高校高职高专专业教育教学改革”试点单位，北京市“现代化标志专业”、“骨干特色专业”、“国家级示范性建设专业”。2018年《畜牧兽医专业学生综合实践能力培养模式创新与实践》获北京市棋牌网页游戏平台 教学成果一等奖。
畜牧兽医系师资力量雄厚。目前有教职员工57名，其中教授7名，推广教授5名，副教授13名，推广副教授9名，高级实验师4名，博士后1名、博士研究生4名、硕士研究生32名。4名全国农业棋牌网页游戏平台 教学名师，6个北京市高等学校教学名师，15名教师被畜牧兽医类行业选为理事，双师型教师42名。有中国农业大学李德发院士领衔的院士工作站和奶牛产业科技资源工作站，李玉冰主讲的《动物疾病诊疗技术》获国家级精品课程。张孝和主讲的《养禽与禽病防治》课程、李志主讲的《宠物疾病诊治》课程获北京市级精品课程。有11名教师担任了教育部、农业部21世纪国家高职高专规划教材的主编或编者，其中李志主编的《宠物疾病诊治》高职教材被评为北京市精品教材。李玉冰主编的《动物疾病诊疗技术》，杨久仙主编的《动物营养与饲料加工》获得了2007年度全国高等农业棋牌网页游戏平台 精品教材。近三年来全系成功申请发明专利1项，新型实用专利16 项。近三年来专业教师（第一作者）出版专业学术著作57种，在国家级学术刊物上发表了专业学术论文253篇，其中SCI 6篇，多数专业教师现在担任着行业或企业的技术厂长或技术顾问。
畜牧兽医系具有精良的体现棋牌网页游戏平台 特色的实习实训条件。拥有畜牧兽医类实验室18个，液相色谱仪、气相色谱仪、傅立叶红外线检测仪、全自动定氮仪等分析化验精良设备，在满足教育教学、实训和科研的同时，积极参与现代新型职业农民技术培训和精准扶贫服务。畜牧兽医系拥有目前华北地区规模最大的种鸡厂、动物品种多样的综合畜牧场、教学动物医院、动物胚胎移植应用技术中心、现代化种禽繁育中心、宠物驯养中心和兽药生产与检测实验室等校内实训基地，拥有三元绿荷、北京兽医生物兽药厂、全心全意连锁动物医院、北京爱牧家动物医院、北京通和泰达转化医学研究院等门类齐全而稳定充足的动物医学、实验动物、养殖业等实训基地，完全满足师生实践教学、科学研究和对农民进行专业技术培训需要。
畜牧兽医系目前有全日制高职大专在校学生721人。学生通过专业和实践锻炼学习，都具有扎实的专业知识和岗位技能。由于畜牧兽医系各专业培养的学生综合素质高、实践能力强，“下得去、留得住、用得上”，深受社会用人单位喜爱，近三年来全系学生的毕业生就业率都保持在98%以上。
畜牧兽医系以“创一流”为目标，积极实践学院“开门、开放、开发”办学宗旨，“教育为社会服务，教学为求学者服务”，团结、奋斗，开拓、进取、创新，积极适应北京经济发展需要，面向生产、服务、管理第一线，致力培养中高级技术型应用型畜牧兽医类专门人才。
