植物科学系是河南农业职业学院最早设立的专业学科，现开设有园艺技术、园林技术、种子生产与经营、植物保护、生物技术与应用5个高职专业。
其中园艺技术专业是国家财政部重点支持的实训基地建设项目专业、河南省优秀教学团队、河南省高职高专教学改革试点专业、河南省高等学校特色专业建设点。
园艺技术、种子生产与经营、园林技术三个专业是河南省示范建设专业。植物科学系现拥有各类实验实训室23个，实验实习设备总价值1000多万元，校内实习基地300多亩，设施面积100多亩，校外实习基地100多个，目前在校生总人数2800余人。
植物科学系师资力量雄厚，现有专兼职教师92人，其中教授8人，副教授36人，41人具有研究生学历，75%以上为“双师型”教师。植物科学系长期坚持走“产学研”结合之路，积极开展科学研究、技术推广、教材建设、校内外实习实训基地建设，取得了优异成就。截至2009年，全系教师共获得国家、省、地市级科研成果奖170余项，在省级以上学术期刊发表论文900余篇，担任主编和参编撰写全国统编教材、国家规划教材60多部、省编教材100部。
12位教师担任省级学会理事或常务理事，2位教师被聘为省农业专家组成员，2位教师被授予河南省学术技术带头国优秀教师、全国农业棋牌网页游戏平台 教学名师、省级优秀教师和先进教育工作者称号。由于在教育教学、科研推广、社会服务等方面成绩显著，2008年植物科学系被河南省教育厅授予“河南省教育系统先进集体”荣誉称号。
