动物科学系是青海畜牧兽医职业技术学院的主干教学系部之一。目前设有畜牧兽医、动物生产、农畜特产品加工（畜产品加工方向）、机电设备维修与管理（农机维修方向）4个专业。
其中畜牧兽医专业是学院办学历史最悠久的一个专业（早在1958年，学院的前身——青海湟源畜牧学校就开始开设该专业），也是学院的一个具有鲜明地域特色和优势的标志性品牌专业。1996年该专业被农业部确定为教育教学改革试点专业，2004年又被确定为青海省高职高专教育示范性专业，2007年学院成功入围到国家百所示范性高等职业院校（“高职211”工程）之列，畜牧兽医专业是学院中央财政重点支持建设的专业之首。
动物科学系现有畜牧基础、牛羊生产、猪禽生产、经济动物生产四个教研室，有动物营养与饲料分析中心、动物繁育、畜产品加工、农牧机械、动物解剖、微生物与传染病等13个实训室（部分实训室与动物医学系共享）；拥有养殖实训基地、家畜繁育改良中心、动物医院（与动物医学系共享）3个校内生产性实训基地和青海省种羊场等20 多个校外实习基地，其中3个校内生产性实训基地目前均为省级示范性生产实训基地，完全可满足学生实践教学和顶岗实习的需要。学院成立的特有工种职业技能鉴定站（农业－119站）和国家职业技能鉴定所（国家－012）可以满足动物科学系各个专业职业资格鉴定的需要，学生可以获取“双证”。
目前有专任教师27人，其中副高以上职称7人，博士研究生1名，硕士研究生4人，“双师”素质教师25人；全日制在校学生850多人。
长期以来，动物科学系秉承“专业只为职业，教学只为实战”的人才培养理念，将学生毕业后能否胜任职业、是否具备实战能力做为人才培养质量的衡量标准，尽其所有资源，培养高素质技能型人才，使其毕业后成为青藏高原上最出色的精英。基于这一点，动物科学系主动加强与省内外龙头企业的深度合作，搭建稳固的校企合作平台，建立校企合作长效机制，并在畜牧兽医专业原有“技能递进五段式”工学结合人才培养模式的基础上，于2009年1月开始创新和实施“231”工学结合人才培养模式，其中基于牛、羊、猪、禽、经济动物五大养殖方向的专业核心课程,平行班级在养殖企业实施大轮回模式下的“理论与实践一体化”教学。该模式的实施带动了动物生产、兽医、农畜特产品加工、农机维修等相关专业共同组成的畜牧兽医专业群协调发展，初步形成了学校与社会、畜牧兽医行业、企业良性互动的办学局面。近年来，动物科学系培养的学生供不应求，就业率一直保持在90%以上。
经过不断建设，该系取得了丰硕的教育教学成果，《农业棋牌网页游戏平台 能力建设计划——农业棋牌网页游戏平台 课程开发研究》荣获农业部特等奖；《高职牧医专业能力教育体系改革试验》和《青藏高原畜牧兽医专业人才培养模式的改革与实践》荣获青海省教育教学成果二等奖；建成《养羊与羊病防治》等精品课程5门，其中《养羊与羊病防治》国家级精品课程的建成填补了青海五所高职院校无国家级精品课程的空白。
2005年动物科学系被青海省农牧厅评为“厅系统先进集体”，2006 年被授予“全国农牧水利行业科普先进集体”荣誉称号，2009年被教育部授予“全国教育先进集体”荣誉称号，同时，畜牧兽医专业教学团队在2009年被评为省级教学团队。
