临床医学系是学校建立最早的专业，主要培养从事医疗卫生工作的临床医师，有三年制、五年制的专科教育及成人教育。旨在培养学生具有良好的专业素质和医德医风，具有本专业所必须的基础医学、临床医学、预防医学、传统医学的基本理论知识，掌握多发病、常见病、危重病的诊治知识。现已培养毕业生12000多名，大多数已成为各级医疗卫生单位的管理和业务骨干。
临床医学系具有雄厚的师资力量和较先进的、完备的教学设备。下属基础医学、临床教研室14个，专业教师７０人，副高以上职称25人，中级职称 ４０人，教师中有全国、省级优秀教师及政府津贴获得者。近年来全体教师获得省、州科技奖１２项，主要专著、教材１６部，发表学术论文１００余篇。实习医院30所（其中黔南民族医学高等专科学校附属医院2所）。具有多媒体教室、语音室、计算机室、电子阅览室、ＣＴ、彩色超声、磁共振成像等先进的设备和条件，供临床教学使用。
随着高等教育改革的不断深入，全体师生正加强理论学习，自觉实践“三个代表”。深化教育、教学改革，开展科学研究，注重培养学生的创新精神和实践能力，不断提高教学质量。
培养目标
培养拥护党的基本路线，具有救死扶伤职业道德和全心全意为人民服务敬业精神的，适应基层医疗卫生岗位需要的，掌握必备的基础医学、临床医学的基本理论、基本技能的高等技术应用性医学专门人才。
学制
三年（高中）
初中起点五年制。
主干学科
基础医学，临床医学
就业方向
各级医疗、教学科研、卫生防疫、妇幼保健等机构
