运输管理系是黑龙江交通职业技术学院成立最早的专业系之一，目前开设铁道交通运营管理、物流管理、财务信息管理、市场营销专业。现有哈尔滨地铁、无锡地铁“订单班”，并在此基础上不断扩大订单培养的规模。
专职教师28名，其中高级职称16名，中级职称12名，工程师、物流师、经济师、会计师、岗位技能考评员等双师型教师16名，另外聘请相关专业的工程技术人员作为专业指导委员，保证专业人才培养符合社会需求。现建有两门省级精品课，承担国家级、省级教研科研课题4项。
建有铁路运输客货综合、铁路运输设备运用、接发列车、调度模拟、物流管理、营销策划等校内实训室，教学仪器设备总价值1000多万元。校外与齐齐哈尔客运段、齐齐哈尔车站、哈尔滨地铁公司、宝供物流企业集团有限公司、河北快运有限公司北京分公司、齐齐哈尔铁路物资供应段等单位建立了校企合作关系。95%以上的学生均能取得铁道交通、物流、财务、计算机等专业岗位的职业技能鉴定证。
运输管理系毕业生主要分布在铁路局、地铁公司、矿务局、钢铁公司、物流公司、商业企业等相关部门，其中大多数成为技术业务骨干和基层领导。
