机电工程系源于1958年的机械系，至今已有50余年的办学历史。现开设有数控技术（示范院校重点建设专业）、机电设备维修与管理（示范院校重点建设专业群专业）、模具设计与制造（示范院校重点建设专业群专业）、轮机工程技术（中央财政重点支持建设专业）、船舶检验（“十二五”重点建设专业）、计算机辅助设计与制造（示范院校重点建设专业群专业）等专业，面向全国招生，面向全国就业。该系拥有一支结构合理、爱岗敬业、综合素质较高的师资队伍，现有50余名专兼职教师，其中副教授、高级工程师以上高级职称人员20余人，硕士研究生以上学历20余人，“双师教师”24人，江西省中青年骨干教师、学院骨干教师6名，国家职业技能鉴定考评员15名。各专业教师近3年承担省厅级课题20余项，发表论文100余篇，主参编教材20余部，获评省级精品课程2门，省级精品资源共享课1门，全国优秀多媒体课件三等奖1项，省级优秀多媒体课件比赛一等奖和三等奖各1项。
机电工程系建有一栋7000余平方米的现代化实训大楼，设有数控加工、模具拆装、特种加工、电工电子、金属加工、钳工、塑料成型、冲压成型、产品设计、机电设备维修、船舶动力设备拆装、船员安全培训、船员适任培训、船舶检验等多个实验实训室及生产性实训基地，有省内高校中最先进的TOM 2203B数控龙门铣床、VMC 1890、VMC 1270大型四轴加工中心、装备最完善的船员远程考场等教学仪器设备，总价值达1000余万元。机电工程系始终坚持校企合作、工学结合的人才培养模式，先后与江西佳时特数控技术有限公司、德昌电机（深圳）有限公司、江西远洋运输公司、江西省港航建设投资有限公司、中山市欧帝尔电器照明有限公司、南昌海立电器有限公司、各船务公司、海事局等省内外企事业单位建立合作关系并设有实习基地。优越的实训、实验环境和教学仪器设备为培养学生的实践技能和提高就业竞争力提供了优良的条件。
机电工程系除承担本系各专业的教学与研究外，还承担了汽车工程系、成教部等其他系部的部分课堂教学和实践教学任务。
机电工程系培养了大批高端技能型专门人才，毕业生遍布全国各地，能较好地适应我国装备制造业、水上运输业及相关行业的要求，深受用人单位的欢迎，近年来毕业生一直供不应求。
