省中医药基础研究重点实验室创建于2004年，实验室涵盖中医学、中药学一级学科所有博士点，设有中医学和中药学博士后科研流动站。
经过几年的建设与发展，已形成三个稳定的、特色鲜明的主要研究方向：①藏象理论与实验研究方向依托国家重点学科——中医基础理论学科，对肝藏象理论及其实质进行深入研究，建立了国内首家猕猴研究中心及情志病证基础和临床研究中心，研究成果居国际领先水平。②中医药经典文献数字化研究方向依托国家重点学科——中医医史文献学科，建立基于IA的中医药信息构建模式，创建以知识元为主体的中医药文献知识表征体系。③中药经典理论及中药质量控制研究方向，以“凝胶蛋白电泳在动植物中药鉴别中的应用”获国家科技进步三等奖为标志，使该领域处于国内领先水平。
目前正在开展的中药基因鉴别、同工酶鉴别法的研究，均居国际先进水平。实验室现有泰山学者4名，享受国务院特贴人员3名，博导9名，形成了一支以博士、硕士为主，涉及中医学、中药学、中医医史文献学、分子生物学、医学统计学等学科专业，年龄与学缘结构合理，多学科交叉融合的研究梯队，2004年以来，共承担国家863、973、国家支撑计划、国家基金、科技部等科研项目44项，省科技厅科技发展项目12项；获国家科技进步二等奖2项、省科技进步一等奖1项、省自然科学二等奖1项。
实验室拥有激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、液质联用仪、气红联用仪、原子吸收分光光度计、高效毛细管电泳仪及高效液相色谱仪等价值一千多万元的仪器设备。
