“新疆特种植物药资源重点实验室”是教育部与新疆生产建设兵团共建的重点开放实验室。2005年8月，在整合了“兵团植物药资源与中药现代化重点实验室”和“石河子大学植物学重点实验室”等相关实验室和研究人员的基础上，被教育部批准为省部共建重点实验室。
实验室目前共有研究人员30名，其中教授6名，副教授8名，讲师12名，获得博士学位5名，特聘客座教授3名。实验室以新疆特种植物药资源为主要研究对象，在开展药用植物资源多样性与保护生物学研究、新疆药用植物资源保育机理与对策研究的基础上，进行药用植物的人工驯化及栽培试验，开展对新疆特种药用植物有效成分的分离、纯化、结构改造和药效评价等深层次的研究。
同时，充分利用石河子大学的综合优势，发挥新疆特种植物药的综合利用价值，开展植物药资源在医药、兽药及生物农药等方面的应用研究，以实现新疆药用植物资源的可持续利用与发展。
目前本实验室根据三个研究方向设置3个研究室，下设相应的实验室，由学术带头人和科研骨干等人员组成各研究室的学术梯队：
1．药用植物资源生物多样性研究室（包括药用植物标本室与种质库、药用植物资源圃、生药室、药用植物保育与栽培室）；
2、植物药化学与药效研究室（包括天然药物化学室、药物合成室、神经药理室、细胞药理室、脑微透析室）；
3、植物药综合开发研究室（药物制剂室、新药中试室、药物分析室），目前实验室总面积达2000m2，仪器设备总值900余万元，拥有高效液相、气相色谱仪、热分析、高效制备液相色谱仪、脑微透析仪等一大批先进的仪器设备。
