国家级科研机构：

水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心

水文水资源与水利工程科学国家重点实验室

省部级科研机构：

浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室

疏浚技术教育部工程研究中心

岩土力学与堤坝工程教育部重点实验室

教育部城市环境与可持续发展联合研究中心

江苏省循环经济工程中心

南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室

海岸灾害及防护教育部重点实验室

水利水电工程安全教育部工程研究中心

江苏省交通基础技术工程研究中心

江苏省岩土工程技术工程研究中心

水利部水力发电工程重点实验室

水利部岩土工程重点实验室

水利部结构力学与水工结构工程重点实验室

水利部河口海岸工程重点实验室

水利部机电控制及自动化重点实验室

水利部水库移民经济研究中心

水利部水工金属结构安全检测中心

水利部节水园区

水利经济研究所

南京土工合成材料工程技术研究中心

国际合作科研机构：

中－荷环境岩土工程合作研究中心

中德水资源研究所

中港水利建设3S技术应用联合实验室

中加瞬变流仿真与控制研究中心

中德海岸工程研究所??
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