国家重点实验室：

国家地球物理探测仪器工程技术研究中心

超分子结构与材料国家重点实验室

理论化学计算国家重点实验室

超硬材料国家重点实验室

汽车仿真与控制国家重点实验室

集成光电子学国家重点联合实验室(吉林大学实验区)

无机合成与制备化学国家重点实验室

教育部重点实验室：

新型电池物理与技术教育部重点实验室（筹）

地下水资源与环境教育部重点实验室（筹）

相干光与原子分子光谱教育部重点实验室(筹）

人兽共患病研究教育部重点实验室

东北亚生物演化与环境教育部重点实验室

地球信息探测仪器教育部重点实验室

病理生物学教育部重点实验室

汽车材料教育部重点实验室

工程仿生教育部重点实验室

分子酶学工程教育部重点实验室

符号计算与知识工程教育部重点实验室

行业部委开放/重点实验室：

信息产业部信息科学重点实验室

信息产业部通信新技术重点实验室

信息产业部通信软科学重点实验室

信息产业部计算机通信重点实验室

卫生部放射生物学重点实验室

国家中医药管理局肿瘤细胞生物学实验室

国家中医药管理局免疫与分子生物学实验室

国家中医药管理局中药制剂实验室

国家中医药管理局中药药理实验室

国家中医药管理局中药生物工程实验室

国家中医药管理局中药药代动力学实验室

国家中医药管理局中药化学实验室

国家中医药管理局分子生物学实验室

国土资源部应用地球物理综合解释理论开放研究实验室

国土资源部现代地球物理仪器开放研究实验室

国土资源部复杂条件钻进技术开放研究实验室

国土资源部功能矿物材料应用基础与物化性能检测方法开放研究实验室

国土资源部地球探测技术及仪器开放研究实验室

国土资源部水资源评价管理系列模型开放研究实验室

国土资源部变质动力学及地质流体开放研究实验室

教育部工程中心：

地热资源开发技术与装备教育部工程研究中心

网络技术及应用软件教育部工程研究中心

有机聚合物光电材料教育部工程研究中心

特种工程塑料教育部工程研究中心

汽车开发教育部工程研究中心