针灸与时间生物学实验室的前身是1973年成立的针麻与经络研究室，1981年经四川省人民政府批准成立中医基本理论研究室，1999年成为四川省高校重点实验室，2002年成为国家中医药科研三级实验室，2008年成为四川省重点实验室，是针灸推拿国家重点学科和我国西部地区针灸研究的重要基地。
实验室下设人体节律实验室、动物节律实验室、分子生物学实验室、代谢组学实验室、生物芯片实验室、行为学实验室，专用实验室面积800平米，拥有仪器设备120台件，拥有仪器设备价值900余万元，其中10万元以上大精设备20台。拥有独立知识产权并被国内同行广泛运用的“生物节律自动监测与分析”核心优势技术和代谢组学、生物芯片等国内领先实验研究技术。
实验室科研技术团队共20人，平均年龄41岁。实验室拥有专职研究人员12名，实验技术人员5名，管理人员3名，兼职研究人员4名，国内外客座研究人员8名。专职人员中有正高职称8人，副高职称6人，中级职称4人，初级职称2人；博士后1名，博士6名，硕士5名，学士6名，其他2名；其中拥有973项目首席科学家1名、国务院政府津贴获得者3人、教育部新世纪优秀人才1名、四川省学术技术带头人3名、四川省学术技术带头人后备人选3人。
实验室长期从事中医针灸的基础研究工作，一直以时间医学与时间针灸、经穴效应规律与原理、针灸神经康复作用与原理、针灸抗炎镇痛作用与原理等作为主要研究方向，尤其是时间医学与时间针灸研究领域拥有雄厚的研究实力，优势明显，特色突出，学术影响广泛。
近三年来，实验室共完成国家级课题11项、部省级课题8项，获得四川省科技成果一等奖1项、部省级科技成果二等奖5项、三等奖1项，发表学术论文130余篇，其中SCI 收录11篇。现承担国家级课题15项、部省级课题6项，研究经费达到3000余万元。
实验室目前承担全校硕、博士研究生《针灸推拿现代研究进展》、《实验针灸学选论》、《时间医学选论》、《时间医学专论》、《医学实验技术与方法》等课程的教学任务，近两年培养毕业硕、博士研究生45名。
