计算机工程系是芜湖信息技术职业学院的重点系部，90年代中期就已开办计算机应用专业大专学历教育，现设有计算机应用技术、计算机网络技术、计算机系统维护、网络系统管理和计算机控制技术五个专业，学制3年。
计算机应用技术专业以较高的教学管理水平、完备的教学实训设施，于2000年4月被省教委批准为省级教学改革试点专业。2010年有计算机应用技术、计算机网络技术、计算机系统维护3个专业参与招生。现有全日制在校生近1200人。
该系主要培养计算机应用领域的高素质高技能人才。经过三年的学习和实践，学生将掌握计算机应用方面的基本理论知识和实际操作技能，具备计算机软硬件系统安装、维护、调试能力，网站开发和网页设计能力，以及计算机网络规划、管理和方案设计能力等职业岗位能力。毕业后，可在机关企事业单位从事计算机系统软硬件的技术支持，网页制作和网站建设，计算机网络系统的组建和管理，生产部门计算机控制设备的调试、编程和维护，以及计算机相关产品的销售和服务工作。
该系拥有一支结构合理、专兼结合、双师素质的教师队伍，专任教师中具有中高级技术职称的占72%，“双师型”教师占85%以上，硕士（含在读）的教师占80%。此外，还从IT企业和行业聘请了一批具有丰富理论和实践经验的兼职教师。
近几年，该系教师承担了多项教学科研项目，其中国家级项目1项，省部级项目4项、市级2项、院级项目6项目；主编、副主编或参编了《计算机文化基础》、《C语言程序设计》、《动态网页设计》、《计算机网络基础》、《SQL数据库应用》等多部高职高专规划教材；自编《计算机组装与维护》、《网络组建》等多个实训讲义；《计算机文化基础》、《计算机网络基础》等4门课程被评为院级精品课程。2009年，该系教师制作的《计算机导论》多媒体教学课件，在教育部举办的第九届全国多媒体课件大赛中，获优秀奖。先后有多名教师在全国、省市级各类竞赛中获奖，其中在全国第二届计算机调试员职业技能大赛安徽赛区竞赛中，计算机工程系青年教师周宏伟、张亮亮老师获全省第一、第二名，代表安徽省参加由信息产业部、劳动和社会保障部组织的“全国第二届计算机（微机）调试员职业技能大赛”总决赛，荣获团体第五名，其中张亮亮荣获全国个人第六名，被授予全国“信息产业技术能手”光荣称号。2007年，周宏伟老师被芜湖市政府授予十大“首席技师”光荣称号。2008年，张亮亮老师又获得安徽省教育厅颁发的“省级教坛新秀”奖。此外，在学院举办的各类教师教学技能比赛中，该系教师频频获奖。
该系以就业为导向，以IT行业人才需求为基础，以培养学生的创新精神和实践能力为重点，通过“校企合作、产学结合”，积极探索计算机应用技术领域紧缺人才的培养模式。成立了由校内专家和企业行业专业组成的专业建设指导委员会，指导各专业的人才培养方案的制定和课程设置。该系专业课程体系建立在“以学生为本”的现代教育教学理念基础上，紧贴市场需求，内容先进实用，并跟踪技术的进步和市场需求的变化及时进行调整，确保教学内容的先进性和实用性。积极进行教学方法改革，从知识、素质和能力三个方面，针对学生特点授课，开展参与式、互动式教学，采用分组教学法、工作情境教学法、目标驱动教学法、“教、学、做”一体化等多种教学方法和教学模式，提高学生学习兴趣和效率，同时注重学生沟通与团队合作、文档写作、项目管理、演示表达等多个方面职业素质和职业能力的培养。实践教学课程以职业岗位和技术应用能力为主线，强化三个训练层次：基本技能训练、专业技能训练、专业综合能力训练，在各项实践环节中强调动手能力、综合能力、专业技能和职业精神。
该系积极推行学历证书和职业资格证书“双证制”教学。根据所设专业的培养目标和人才市场的实际需要，将多项职业技能认证课程合理地嵌入到教学计划中，使学生在拿到毕业证书的同时还可取得相关的职业技能证书，提高学生职业岗位能力和就业竞争力。该系建有H3C网络学院，还是信息产业部IT技术认证考试单位。目前，该系学生通过考试可获取的证书有全国高等学校计算机水平考试二级（c语言）证书、全国计算机等级考试三级证书、劳动和社会保障部计算机装调员、网络管理员等证书、华为网络工程师证书等。
该系依托芜湖信息技术职业学院国家级中央财政支持的计算机应用棋牌网页游戏平台 实训基地，现建有网站建设、计算机网络技术、计算机辅助设计及计算机维护维修等实训中心，有计算机组装、网站建设、网络管理、网络技术、企业网络构建、数据库开发、计算机电路、多媒体设计等近20个专业实验实训室。
该系拥有计算机专业中、高级别的网络调试、网络管理、应用技能、维修技能、装调技能、检验技能等国家职业技能培训和鉴定室。并与省内外及芜湖经济技术开发区多家知名企业建立了校外实习实训基地。
该系全面推进综合素质教育，努力造就既有一定理论知识又有较强动手能力的高技能人才。近年来，该系学生在省市级各类竞赛中多次获奖，在安徽省第一～四届职业院校职业技能大赛“计算机组装与调试”和“网页设计”等项目中，该系学生代表学院参赛，共获得一等奖2名（第全省1、2名）、二等奖6名、三等奖3名的优异成绩，为芜湖信息技术职业学院争得了荣誉。该系毕业生主要分布在安徽省和沿海发达地区高新技术企业，大多已成为单位业务骨干，得到了用人单位的广泛好评。近几年毕业生就业率一直在95%以上。
芜湖信息技术职业学院是全国高等院校计算机水平考试考点，省委组织部、省人事厅、省教育厅认定的公务员计算机应用能力考核基地，安徽省职称晋升计算机考试考点。多年来芜湖信息技术职业学院学生在全国高等学校计算机水平考试（安徽考区）中均取得优异成绩，在全省参考院校中名列前茅。该系在上述考试、考核基地和水平考试等方面做了大量而卓有成效的工作。芜湖信息技术职业学院还与合肥工业大学、浙江大学等高校建立了良好的合作办学关系，为高年级学生继续深造提供了有力的保障。
