2001年4月，经解放军国防科技委员会批准，“智能信息处理实验室”成为国家级国防重点实验室分室，命名为“ATR国防科技重点实验室智能信息处理研究室”，由解放军总装备部和深圳市政府共建，业务上接受解放军总装备部和国防科工委领导。“智能信息处理研究室”作为ATR国防科技重点实验室的组成部分，与ATR重点实验室设在国防科技大学的研究室享有同等地位。
2001年10月18日，总装备部科技委主任郭桂蓉中将（院士）、深圳市政府梁道行副市长及国防科技大学领导、深圳大学领导为“深圳大学ATR国防科技重点实验室”揭牌，实验室依托深圳大学开始正式组建并运行。2003年9月18日，实验室通过深圳市科技与信息局组织的专家考察，认定为国家级重点实验室分室，纳入深圳市重点实验室管理行列；2004年1月获得科技计划资金100万元资助，并于2004年9月通过深圳市科技与信息局的组建验收。
